У меня есть 2 флажка на myform, как я могу узнать, отмечены ли эти элементы в onload ()
Значение (проверено или нет) логического поля сохраняется в свойстве DataValue.
var isChecked = crmForm.all.SOME_BOOLEAN_FIELD_ID.DataValue;
См. http://msdn.microsoft.com/en-us/library/cc189798.aspx