Как запустить локальную программу Blast на сервере Apche2 - PullRequest
Новая
       29

Как запустить локальную программу Blast на сервере Apche2

0 голосов
/ 04 ноября 2011

Я запускаю локальную программу blast на сервере apche2 ... но она показывает мне, что ошибка.--------------------- ВНИМАНИЕ ---------------------

MSG: не могу найти путь к blastall

Мой код .. 

 #!/usr/bin/perl
print "Content-type: text/html\n\n";
use Bio::Perl;
use Bio::Tools::Run::StandAloneBlast;
@params = ('database' => 'btaudb','outfile' => 'bla.out', 
        '_READMETHOD' => 'Blast', 'prog'=> 'blastn');

 $factory = Bio::Tools::Run::StandAloneBlast->new(@params);
 $str = Bio::SeqIO->new(-file=>'test_query.fa' , '-format' => 'Fasta' );
 $input = $str->next_seq();


 $factory->blastall($input);

, когда я запускаю тот же код в терминале, он работает нормально ... и показывает правильный результат mw ....pl помогите мне .. как запустить локальную программу balst на сервере apche2 .....

1 Ответ

2 голосов
/ 16 декабря 2011

По моему опыту, это сообщение означает, что на вашем пути нет инструмента "blastall". То есть, если вы ввели в командной строке «blastall -p blastn -d dbname -i input -o output», как обычно, ваша оболочка будет жаловаться на невозможность найти blastall.

Интерфейс Blastall, похоже, находится на выходе, как отмечалось здесь: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1763/#CmdLineAppsManual.I43_Backwards_compatib. В более новых версиях BLAST установлен только этот скрипт-обертка, и ожидается, что вы будете использовать интерфейс BLAST + в дальнейшем.

Я нашел успех, используя Bio :: Tools :: Run :: StandAloneBlastPlus . Интерфейс очень похож, и если ваша кодовая база еще не очень обширна, начать ее использование будет относительно просто.

...