RPy2 и биокондуктор: пример экспрессии генов - PullRequest
Новая
       17

RPy2 и биокондуктор: пример экспрессии генов

2 голосов
/ 18 августа 2011

Я пытаюсь понять, как сделать классическое выражение гена пример в Bioconductor, используя Rpy2, и я застрял в самом начале. Как вы загружаете данные? В R мы делаем: 

> library('ALL')
> library('limma')
> data('ALL')

В Python мы делаем: 

>>> import rpy2.robjects as robjects
>>> from rpy2.robjects.packages import importr
>>> base = importr('base')
>>> ALL = importr('ALL')

Как сделать эквивалент Python из: 

> data('ALL') ??

Я не вижу примера, в котором данные пакета загружаются в документы для расширений. Я думал, что это может быть, но кажется, что данные не того класса, потому что они имеют signature "character" при подаче на featureNames: 

>>> data = robjects.r('data(ALL)')
>>> data.rclass
<rpy2.rinterface.SexpVector - Python:0x1004b3828 / R:0x10376d558>
>>> featureNames = robjects.r('featureNames')
>>> featureNames(data)
Error in function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function "featureNames", for signature "character"
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/Library/Python/2.6/site-packages/rpy2-2.2.2dev_20110818-py2.6-macosx-10.6-universal.egg/rpy2/robjects/functions.py", line 82, in __call__
    return super(SignatureTranslatedFunction, self).__call__(*args, **kwargs)
  File "/Library/Python/2.6/site-packages/rpy2-2.2.2dev_20110818-py2.6-macosx-10.6-universal.egg/rpy2/robjects/functions.py", line 34, in __call__
    res = super(Function, self).__call__(*new_args, **new_kwargs)
rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function "featureNames", for signature "character"

ОБНОВЛЕНИЕ: Я думаю, что у меня есть это сейчас: 

>>> import rpy2.robjects as robjects
>>> from rpy2.robjects.packages import importr
>>> base =  importr('base')
>>> ALL = importr('ALL')
>>> data = robjects.r('data(ALL)')
>>> data.rclass
<rpy2.rinterface.SexpVector - Python:0x258b190 / R:0xdf86c8>
>>> data = robjects.globalenv['ALL']
>>> data
<RS4 - Python:0x2591490 / R:0x29a2134>
>>> data.rclass
<rpy2.rinterface.SexpVector - Python:0x258b3b0 / R:0xdf85c8>
>>> featureNames = robjects.r('featureNames')
>>> featureNames(data)
<StrVector - Python:0x23e4f08 / R:0x304fc00>
['1000..., '1001..., '1002..., ..., 'AFFX..., 'AFFX..., 'AFFX...]
>>> exprs = robjects.r['exprs']
>>> e = exprs(data)
>>> e
<Matrix - Python:0x23b2da0 / R:0x84d8000>
[7.597323, 5.046194, 3.900466, ..., 3.095670, 3.342961, 3.842535]
>>>

1 Ответ

2 голосов
/ 18 августа 2011

Эта проблема должна быть решена в пакете Python, содержащем расширения биокондуктора для rpy2

...