Способ получения почтовых данных будет более или менее одинаковым как в протоколах POP, так и в IMAP. В pop вы сделали бы retr, а в IMAP это fetch. Это должна быть скорость соединения, которая будет иметь значение. Кстати, оба протокола предназначены для масштабирования для миллионов почтовых данных и тысяч одновременных соединений.