Вот как я решил эту проблему для своей среды с помощью пакета Scrapy в виртуальной среде вне каталога проекта:
1) Создайте simlink для вашего cmdline.py изнутри проекта, что-то вроде:
ln -s ../venv/lib/python3.4/site-packages/scrapy/cmdline.py cmdline.py
2) Обновите проект, чтобы вы могли его увидеть, затем установите его в качестве основного модуля в конфигурации отладки.
3) На вкладке «Аргументы» в конфигурации отладки,там, где написано «Рабочий каталог», выберите «Другой», а затем введите или перейдите с помощью кнопок к каталогу Scrapy в вашем проекте.