Кажется, я помню, что в PyDev возникали похожие проблемы с отладкой, связанные с механизмом автоматической перезагрузки тестового сервера Django. Вы можете отключить перезагрузку, передав --noreload команде runserver. Оттуда вам просто нужно научиться перезапускать свой тестовый сервер после внесения изменений в код во время отладки.
EDIT
Прошло много времени с тех пор, как я использовал PyDev вместе с Django, но я помню, что на консоль выводились некоторые предупреждающие сообщения, которые не влияли на мою способность к отладке. В отладке других библиотек Python довольно много сообщений на доске объявлений, связанных с этим сообщением, но я не нашел ни одного, у которого есть разрешение.
Полагаю, это безобидно, если вы можете игнорировать его и все равно отлаживать свой код. Я не думаю, что вам нужно беспокоиться о том, что это проблема с кодом вашего приложения, но что-то глубоко в PyDev или средствах отладки Python.