Когда я использовал старый FCKEditor, я выполнял много постобработки, IE, regexp изменяет форму, которую я отправил в базу данных через PHP. Это позволяет легко заменять элементы типа <br> и т. Д. Я полагаю, что ваше изменение может быть таким же простым, как выполнение htmlentities в поле перед вставкой в базу данных.
Кроме того, сейчас я использую новейшую / последнюю / самую лучшую версию CKEditor, и она на несколько лет выше старого FCK, который до сих пор используют многие люди. Его способность «развернуть» документы Microsoft на внешнем интерфейсе без необходимости дополнительного взаимодействия с пользователем делает его лучшим редактором, без исключения. На новом я начал делать большую работу внутри javascript самого редактора, чтобы изменить способ рендеринга HTML ... но с более новой версией это кажется намного проще, чем раньше.
Удачи.