Я столкнулся с этой проблемой только сейчас и решил ее, поэтому хотел бы разместить здесь свое решение:
Быстрый способ сделать это - создать SpriteVisualElement, нарисовать графику с отверстием для содержимого Stage3D и установить его в качестве «маски»применения.Если Вы будете маскировать более глубокие клипы, не забудьте отключить фон приложения или установить backgroundAlpha в 0.