В прошлый раз, когда я работал над проектом с использованием перезаписи URL - нет, мы не сохраняли фактические URL в базе данных, но категории (или имена папок) сохранялись там. Это был сайт электронной коммерции, поэтому у нас была иерархия категорий примерно так:
Родительская категория -> Подкатегория -> Продукт
Каждый из этих предметов был сохранен в базе данных, а на веб-сайте преобразован в:
http://domain/ParentCategory/SubCateogry/Product
Так что никакого реального URL не было, но его части наверняка находились в базе данных.