У меня была похожая проблема при установке JBoss Tools.
Есть несколько конфликтующих пакетов, которые необходимо удалить, если вы хотите установить весь пакет JBoss Tools.
Если все, что вам нужно, это использовать Hibernate, используйте сайт установки и выбирайте только инструменты Hibernate. Это должно работать без каких-либо конфликтов.
Надеюсь, это поможет.