Иногда Windows не позволяет удалить папку, когда она все еще используется. Решение состоит в том, чтобы пометить папку (и / или файлы) для удаления при следующей перезагрузке системы. Для этого используйте флаг / REBOOTOK
Для файлов:
Delete /REBOOTOK "<filename>"
Для папок
RMDir /R /REBOOTOK directoryname
После следующей перезагрузки файлы / папки будут удалены.
Смотри также: http://nsis.sourceforge.net/Reference/RMDir