Пошаговая инструкция:
Предварительные условия
Установка с использованием последнего источника из github
$ git clone git://github.com/mono/monodevelop.git -b 3.0-series
$ cd monodevelop
$ git submodule init
$ git submodule update
$ ./configure
$ make
$ sudo make install
Выполнить (такжеможете добавить ярлык в меню приложений) /usr/local/bin/monodevelop.
У меня это работало на xubuntu 12.04 без ошибок.