Я недавно установил MonoDevelop 3.0.6 и тоже столкнулся с этой проблемой. Я создал новое решение, выбрал VBNet и Gtk # 2.0 Project. Затем я открыл файл MyWindow.vb, и внизу не было вкладок для выбора Souce Code или Design. Также панель инструментов была пуста.
Затем я попытался создать решение с использованием C # и GtK #, и когда я открыл MainWindow.cs, в нижней части окна появились вкладка Designer и вкладки Source. Вот инструкция по его использованию http://monodevelop.com/Stetic_GUI_Designer.
Обновление: согласно Bugzilla Bug 10986, GTK # Designer работает только с проектами C #.