1) corrcoef рассматривает каждый столбец как наблюдение и вычисляет корреляции между каждой парой. Я предполагаю, что ваша матрица гистограмм 200x32; следовательно, в вашем случае каждая строка является наблюдением. Если вы передвигаете матрицу гистограмм перед запуском corrcoef, вы получите результат 200x200, который вы ищете:
[rho, p] = corrcoef (set_of_histograms ');
('транспонирует матрицу)
2) cov возвращает ковариационную матрицу, а не корреляцию; в то время как ковариационная матрица используется для вычисления корреляции, это не та мера, которую вы ищете.
3) Что касается corr и corrcoef, у них есть несколько различий в реализации между ними. Пока вас интересует только корреляция Пирсона, они идентичны для ваших целей. У corr также есть возможность рассчитать корреляции Спирмена или Кендалла, которых у corrcoef нет.