Я считаю, что вы можете щелкнуть правой кнопкой мыши по отредактированному файлу и выбрать Rename/Move...
.
Если это не сработает, вам, вероятно, придется использовать командную строку, выполнить команду p4 move -f old_file new_file
и перейти к другой ветви.
Примечание: для чего это стоит, это работает для веток, но не для потоков.