Вы не знаете, что делает нативное приложение с точки зрения настройки камеры перед съемкой изображения и последующей обработки после съемки.
На камере доступно множество настроек, которые хорошо документированы и должны быть изучены.
Вам также следует помнить, что при использовании одного и того же метода, но с малейшим изменением света и фокуса, существуют совершенно разные результаты.
Попробуйте заглянуть в настройки автофокуса и, возможно, что-нибудь сделать с обратным вызовом автофокуса.
При сравнении двух методов убедитесь, что ваша камера сбалансирована на чем-то, а не на портативном устройстве, и убедитесь, что расстояние и уровни освещенности идентичны.