Загрузите его в структуру и вставьте в переменную.
saved_name = 'varname_it_was_saved_as';
s = load('some_file.mat', saved_name);
my_new_variable = s.(saved_name);
Я всегда использую структурные формы сохранения и загрузки для производственного кода. Он чище, потому что он динамически не возится с вашим рабочим пространством.
Подробнее см. help load.