Нет, невозможно активировать хуки удаленно (используя доступ, который вы имеете для репо), так как это будет серьезной проблемой безопасности (если, конечно, у вас нет доступа к серверу, чего у вас нет, в этомcase)
С учетом вышесказанного, ошибка, которую вы видите, означает, что вы делаете что-то не так, и вам не нужно иметь хук после обновления, чтобы это работало (так как Assembla использует Smart HTTP в любом случае) -
1) Убедитесь, что у вас установлена последняя версия Git (как минимум 1.7)
2) Убедитесь, что вы правильно ее клонировали:
git clone https://<username>@git.assembla.com/<spacename>.git
http://blog.assembla.com/assemblablog/tabid/12618/bid/70667/Git-over-HTTP.aspx