У меня такая же проблема. Когда я впервые добавил ссылку, все работало нормально. Но спустя некоторое время после перестройки возникли ошибки, и классы и пространства имен «проекта А» перестали распознаваться. Удаление и повторное добавление ссылки решило проблему немедленно (без перекомпоновки или чего-либо еще). В другом коде ошибок не было, и все библиотеки DLL и EXE были собраны правильно. Настройки порядка и зависимости сборки также были правильными. Кажется, странная ошибка в Visual Studio (я использую 2013 Professional).
Я также проверил, как ссылка была установлена в файле csproj. Файл csproj не изменился вообще после удаления и повторного добавления ссылки. Ни один не сделал файл sln.
Может быть, это странное поведение кеширования. Но так как я использовал «Rebuild All», который очищает временные файлы imho, этого не должно происходить. Даже перезапуск VS или ПК не помог.