Popcorn.js обычно требует медиа-элемент, такой как "video" или "audio", как вы используете идентификатор jPlayer с popcorn.js?
У меня сейчас есть это:
var slide2 = Popcorn("#jquery_jplayer_2").data("jPlayer").internal.audio.id);
slide2.exec(6, function() { $('#slide2first').fadeIn(500); });
slide2.exec(50, function() { $('#slide2second').fadeIn(500); });
slide2.exec(53, function() { $('#slide2third').fadeIn(500); });
slide2.exec(61, function() { $('#slide2fourth').fadeIn(500); });
slide2.exec(67.5, function() { $('#slide2fifth').fadeIn(500); });
slide2.exec(71, function() { $('#slide2sixth').fadeIn(500); });