Проблема при установке RSPerl на RedHat - PullRequest
Новая
       3

Проблема при установке RSPerl на RedHat

0 голосов
/ 08 июля 2011

Я хочу запустить R (статистический пакет) из Perl в RedHat Linux. В Интернете я обнаружил, что есть пакет RSPerl , который выполняет эту работу, но мне трудно установить его в RedHat. Это программное обеспечение требует, чтобы R был установлен как общая библиотека . Я следовал инструкциям, но столкнулся со следующей проблемой, когда (после установки R без проблем) я пытаюсь установить RSPerl. 

[root@xxx opt]#  R CMD INSTALL -c -l ./ RSPerl_0.92-1.tar.gz
* installing *source* package âRSPerlâ ...
checking for perl... /usr/bin/perl
No support for any of the Perl modules from calling Perl from R.
*****************************************************

       Set PERL5LIB to /opt/RSPerl/perl

*****************************************************
Testing: -L/usr/local/lib64/R/lib -lR
Using '/usr/bin/perl' as the perl executable
Perl modules (no):
Adding R package to list of Perl modules to enable callbacks to R from Perl
Creating the C code for dynamically loading modules with native code for Perl:  R
modules:   R; linking:
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output file name... a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables...
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
Support R in Perl: yes
configure: creating ./config.status
config.status: creating src/Makevars
config.status: creating inst/scripts/RSPerl.csh
config.status: creating inst/scripts/RSPerl.bsh
config.status: creating src/RinPerlMakefile
config.status: creating src/Makefile.PL
config.status: creating cleanup
config.status: creating src/R.pm
config.status: creating R/perl5lib.R
making target all in RinPerlMakefile
gcc -std=gnu99 -I/usr/local/lib64/R/include -I.  -D_REENTRANT -D_GNU_SOURCE -fno-strict-aliasing -pipe -Wdeclaration-after-statement -I/usr/local/include -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -I/usr/include/gdbm  -I/usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/CORE  -DPERL_POLLUTE   -D_R_=1 -DUSE_R=1 -DUSE_TOPLEVEL_EXEC=1 -DWITH_R_IN_PERL=1 -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2 -c Converters.c -o Converters.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/local/lib64/R/include -I.  -D_REENTRANT -D_GNU_SOURCE -fno-strict-aliasing -pipe -Wdeclaration-after-statement -I/usr/local/include -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -I/usr/include/gdbm  -I/usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/CORE  -DPERL_POLLUTE   -D_R_=1 -DUSE_R=1 -DUSE_TOPLEVEL_EXEC=1 -DWITH_R_IN_PERL=1 -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2 -c Reflectance.c -o Reflectance.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/local/lib64/R/include -I.  -D_REENTRANT -D_GNU_SOURCE -fno-strict-aliasing -pipe -Wdeclaration-after-statement -I/usr/local/include -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -I/usr/include/gdbm  -I/usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/CORE  -DPERL_POLLUTE   -D_R_=1 -DUSE_R=1 -DUSE_TOPLEVEL_EXEC=1 -DWITH_R_IN_PERL=1 -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2 -c ForeignReference.c -o ForeignReference.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/local/lib64/R/include -I.  -D_REENTRANT -D_GNU_SOURCE -fno-strict-aliasing -pipe -Wdeclaration-after-statement -I/usr/local/include -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -I/usr/include/gdbm  -I/usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/CORE  -DPERL_POLLUTE   -D_R_=1 -DUSE_R=1 -DUSE_TOPLEVEL_EXEC=1 -DWITH_R_IN_PERL=1 -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2 -c UserConverters.c -o UserConverters.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/local/lib64/R/include -I.  -D_REENTRANT -D_GNU_SOURCE -fno-strict-aliasing -pipe -Wdeclaration-after-statement -I/usr/local/include -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -I/usr/include/gdbm  -I/usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/CORE  -DPERL_POLLUTE   -D_R_=1 -DUSE_R=1 -DUSE_TOPLEVEL_EXEC=1 -DWITH_R_IN_PERL=1 -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2 -c GeneralConverters.c -o GeneralConverters.o
making libPerlConverter.so
/usr/local/lib64/R/bin/R CMD SHLIB -o libPerlConverter.so Converters.c Reflectance.c ForeignReference.c UserConverters.o GeneralConverters.o
make[1]: Entering directory `/tmp/RtmpSqebDp/R.INSTALL68be5031/RSPerl/src'
gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/local/lib64 -o libPerlConverter.so Converters.o Reflectance.o ForeignReference.o UserConverters.o GeneralConverters.o -Wl,-E -Wl,-rpath,/usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/CORE /usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/auto/DynaLoader/DynaLoader.a -L/usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/CORE -lperl -lresolv -lnsl -ldl -lm -lcrypt -lutil -lpthread -lc -L/usr/local/lib64/R/lib -lR
make[1]: Leaving directory `/tmp/RtmpSqebDp/R.INSTALL68be5031/RSPerl/src'
if test ! -d /opt/RSPerl/libs ; then mkdir /opt/RSPerl/libs ; fi
cp libPerlConverter.so /opt/RSPerl/libs
Makefile.PL PREFIX=/opt/RSPerl LIB=/opt/RSPerl/perl
make: Makefile.PL: Command not found
make: *** [Makefile.perl] Error 127
calling make -f Makefile.perl install
make: Makefile.perl: No such file or directory
make: *** No rule to make target `Makefile.perl'.  Stop.
chmod: cannot access `blib/lib/R.pm': No such file or directory
Finished configuration
** libs
gcc -std=gnu99 -I/usr/local/lib64/R/include -I.  -D_REENTRANT -D_GNU_SOURCE -fno-strict-aliasing -pipe -Wdeclaration-after-statement -I/usr/local/include -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -I/usr/include/gdbm  -I/usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/CORE  -DPERL_POLLUTE   -D_R_=1 -DUSE_R=1 -DUSE_TOPLEVEL_EXEC=1 -DWITH_R_IN_PERL=1 -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2 -c RPerlElements.c -o RPerlElements.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/local/lib64/R/include -I.  -D_REENTRANT -D_GNU_SOURCE -fno-strict-aliasing -pipe -Wdeclaration-after-statement -I/usr/local/include -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -I/usr/include/gdbm  -I/usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/CORE  -DPERL_POLLUTE   -D_R_=1 -DUSE_R=1 -DUSE_TOPLEVEL_EXEC=1 -DWITH_R_IN_PERL=1 -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2 -c RPerlEval.c -o RPerlEval.o
RPerlEval.c: In function âRS_PerlEvalStringâ:
RPerlEval.c:20: warning: ISO C90 forbids mixed declarations and code
RPerlEval.c: In function âRS_PerlGetâ:
RPerlEval.c:128: warning: ISO C90 forbids mixed declarations and code
RPerlEval.c: In function âRS_PerlCallModifiedâ:
RPerlEval.c:208: warning: ISO C90 forbids mixed declarations and code
RPerlEval.c: In function âRS_PerlCallâ:
RPerlEval.c:377: warning: ISO C90 forbids mixed declarations and code
gcc -std=gnu99 -I/usr/local/lib64/R/include -I.  -D_REENTRANT -D_GNU_SOURCE -fno-strict-aliasing -pipe -Wdeclaration-after-statement -I/usr/local/include -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -I/usr/include/gdbm  -I/usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/CORE  -DPERL_POLLUTE   -D_R_=1 -DUSE_R=1 -DUSE_TOPLEVEL_EXEC=1 -DWITH_R_IN_PERL=1 -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2 -c RPerlInit.c -o RPerlInit.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/local/lib64/R/include -I.  -D_REENTRANT -D_GNU_SOURCE -fno-strict-aliasing -pipe -Wdeclaration-after-statement -I/usr/local/include -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -I/usr/include/gdbm  -I/usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/CORE  -DPERL_POLLUTE   -D_R_=1 -DUSE_R=1 -DUSE_TOPLEVEL_EXEC=1 -DWITH_R_IN_PERL=1 -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2 -c RPerlNew.c -o RPerlNew.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/local/lib64/R/include -I.  -D_REENTRANT -D_GNU_SOURCE -fno-strict-aliasing -pipe -Wdeclaration-after-statement -I/usr/local/include -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -I/usr/include/gdbm  -I/usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/CORE  -DPERL_POLLUTE   -D_R_=1 -DUSE_R=1 -DUSE_TOPLEVEL_EXEC=1 -DWITH_R_IN_PERL=1 -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2 -c RPerlReference.c -o RPerlReference.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/local/lib64/R/include -I.  -D_REENTRANT -D_GNU_SOURCE -fno-strict-aliasing -pipe -Wdeclaration-after-statement -I/usr/local/include -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -I/usr/include/gdbm  -I/usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/CORE  -DPERL_POLLUTE   -D_R_=1 -DUSE_R=1 -DUSE_TOPLEVEL_EXEC=1 -DWITH_R_IN_PERL=1 -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2 -c RPerlVars.c -o RPerlVars.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/local/lib64/R/include -I.  -D_REENTRANT -D_GNU_SOURCE -fno-strict-aliasing -pipe -Wdeclaration-after-statement -I/usr/local/include -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -I/usr/include/gdbm  -I/usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/CORE  -DPERL_POLLUTE   -D_R_=1 -DUSE_R=1 -DUSE_TOPLEVEL_EXEC=1 -DWITH_R_IN_PERL=1 -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2 -c Utils.c -o Utils.o
Utils.c: In function âcharacterVectorToNullTerminatedArrayâ:
Utils.c:35: warning: assignment discards qualifiers from pointer target type
Utils.c: In function âcharacterVectorToArrayâ:
Utils.c:78: warning: assignment discards qualifiers from pointer target type
gcc -std=gnu99 -I/usr/local/lib64/R/include -I.  -D_REENTRANT -D_GNU_SOURCE -fno-strict-aliasing -pipe -Wdeclaration-after-statement -I/usr/local/include -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -I/usr/include/gdbm  -I/usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/CORE  -DPERL_POLLUTE   -D_R_=1 -DUSE_R=1 -DUSE_TOPLEVEL_EXEC=1 -DWITH_R_IN_PERL=1 -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2 -c xsinit.c -o xsinit.o
gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/local/lib64 -o RSPerl.so Converters.o ForeignReference.o GeneralConverters.o RPerlElements.o RPerlEval.o RPerlInit.o RPerlNew.o RPerlReference.o RPerlVars.o Reflectance.o UserConverters.o Utils.o xsinit.o -Wl,-E -Wl,-rpath,/usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/CORE /usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/auto/DynaLoader/DynaLoader.a -L/usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/CORE -lperl -lresolv -lnsl -ldl -lm -lcrypt -lutil -lpthread -lc -L/usr/local/lib64/R/lib -lR
installing to /opt/RSPerl/libs
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
Warning: /tmp/RtmpSqebDp/R.INSTALL68be5031/RSPerl/man/PerlReferenceObjects.Rd:32: unknown macro '\textit'
*** installing help indices
** building package indices ...
Removing additional files
rm: cannot remove `src/Makefile.perl': No such file or directory
rm: cannot remove `src/pm_to_blib': No such file or directory
** testing if installed package can be loaded
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
  unable to load shared object '/opt/RSPerl/libs/RSPerl.so':
  /opt/RSPerl/libs/RSPerl.so: undefined symbol: boot_R
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing â/opt/RSPerlâ
* restoring previous â/opt/RSPerlâ
[root@xxx opt]#

Информация о моей системе следующая: 

Linux version 2.6.18-194.el5 (mockbuild@x86-005.build.bos.redhat.com) (gcc version 4.1.2 20080704 (Red Hat 4.1.2-48)) #1 SMP Tue Mar 16 21:52:39 EDT 2010

и работает на 64-битном сервере Xeon.

Ты хоть представляешь, что происходит?

Заранее спасибо.

Ответы [ 2 ]

1 голос
/ 07 июня 2012

В R-2.12 они убирают требование для perl, поэтому PERL (переменная env) в lib / R / etc / Renviron больше не будет установлен.

Одним из быстрых решений является ручная настройка PERL следующим образом: 

PERL=`which perl` R --vanilla CMD INSTALL -c -l ~/library/ RSPerl_0.92-1.tar.gz

убедитесь, что вы получаете perl-dev, а не только perl (например, под ubuntu, apt-get install libperl-dev, если вы сами скомпилировали perl, это не будет проблемой)

0 голосов
/ 08 июля 2011

RSPerl - это интерфейс между R (или S) и Perl. Похоже, вам нужно провести дополнительное исследование и найти пакет Perl, который подходит для вашей установки, или, если у вас есть совместимая версия, используйте флаг компилятора или переменную среды, которая сообщает R, где его найти. Затем установите RSPerl.

Возможно, вы захотите взглянуть на этот пример установки переменных среды из по общему признанию старого сообщения из Duncan Temple Lang.

...