Если я хорошо понимаю, вы хотите построить строку, подобную этой:
$my_geoJSON = '{ "type": "Point", "coordinates": ['.$longitude.' ,'.$latitude.'] }';
Как указано в спецификации для формата GeoJSON ( RFC7946 ):
Координаты точек в порядке x, y (восток, север для прогнозируемых координат, долгота и широта для географических координат):
{
"type": "Point",
"coordinates": [100.0, 0.0]
}