Не знаю, практично ли это для вас, но (неудивительно), что emacs может сделать это для регионов в двух файлах как для построчного, так и для пословного сравнения.
посмотрите emacs ediff, если интересно (он также сравнивает файлы и буферы, сравнивает файлы с предками, исправляет, сравнивает и объединяет 3 файла ... довольно много). Я не думаю, что видел систему сравнения / слияния в каком-либо другом программном редакторе столь же хорошо.