Вы можете получить эффект изменения радиуса, либо уменьшив размер узла (и шрифта), либо увеличив размер фигуры. Вот пример, показывающий оба способа улучшить круговую разметку графа цикла с перекрывающимися узлами.
import pylab
import networkx as nx
G=nx.cycle_graph(80)
pos=nx.circular_layout(G)
pylab.figure(1)
nx.draw(G,pos)
pylab.figure(2)
nx.draw(G,pos,node_size=60,font_size=8)
pylab.figure(3,figsize=(12,12))
nx.draw(G,pos)
pylab.show()