Windows 64-bit отличается от Windows (32-битная). Когда вы создаете продукт на основе Eclipse, вы должны предпринять специальные шаги для его сборки для платформ, отличных от той, на которой вы строите. Поэтому, если вы создали свой продукт на 32-битной Windows, он не обязательно будет работать на 64-битной Windows.
Чтобы выполнить кроссплатформенный экспорт продукта на основе Eclipse, вам сначала потребуется Delta Pack. Прочитайте это для деталей (этот блог говорит о версии 3.5 - убедитесь, что вы получаете Delta Pack для любой версии Eclipse, против которой вы строите).