Вам необходимо создать классы (.h / .m) для вашего UIViewController и связать элементы интерфейса в раскадровке с базовыми классами. Затем в ваших реализациях UIViewController вы можете связать ваш интерфейс MKMapView со свойствами вашего класса, затем вы можете манипулировать экземпляром MKMapView любым способом, который вам нужен программно, через ваш реализующий класс UIViewController.
См. здесь для обучения по использованию раскадровки.