Это зависит от ваших настроек и порядка, в котором вы делали ...
Если щелкнуть правой кнопкой мыши файл и выбрать «Запуск от имени» или «Отладка как», FDT (Eclipse) будет использовать этот файл для создания приложения.
Если у вас включено «Всегда запускать ранее запущенное приложение» (оно должно быть включено по умолчанию), тогда FDT всегда будет использовать последнюю использованную конфигурацию запуска при каждом нажатии кнопки «Выполнить / отладить». Если ничего не существует, он будет запущен с использованием текущего активного файла. Чтобы включить этот параметр, перейдите к Настройки> Выполнить / Отладка> Запуск и посмотрите внизу, где Запуск операций .
Если у вас уже есть конфигурация запуска, и она звучит так, как вы, вам нужно настроить основной файл в этой конфигурации запуска. Сделайте это, выбрав «Run Configurations ...» с помощью кнопки «Run».
Я написал учебник об этом. Это должно помочь вам пройти через это.
http://fdt.powerflasher.com/docs/Launch_Configuration_Tutorial