Вы имеете в виду, что вы включили проверку pep8 и устанавливаете этот файл в окне> настройки> анализ кода> pep8.py> расположение pep8.py?
Если это так, товозможно, из-за некоторых исправлений, которые были сделаны во внутренней версии PyDev (для работы с внутренней версией PyDev Jython 2.1) ... они уже были добавлены в pep8.py, но, возможно, не были интегрированы в эту ветку?(т. е. запрос на извлечение: https://github.com/jcrocholl/pep8/pull/49)
Если этот пользовательский модуль сделал что-то еще, что не работает в Jython 2.1, это тоже объясняется.
Если это так,правильным решением было бы исправить этот модуль pep8 для работы под Jython 2.1 ...
Теперь, если это что-то совсем другое ... У вас есть какая-то ошибка в вашем журнале ошибок?