Если вы используете Dotfuscator Professional, вы можете легко добиться этого, поскольку он поставляется с проектом Visual Studio, который добавляется в вашу систему при установке.
Все, что вам нужно сделать, это добавить новый проект Dotfuscator в ваше решение, добавить выходные данные из ваших других проектов в качестве входных данных для проекта Dotfuscator (используя функцию «Добавить сборку / Добавить выходные данные проекта»), установить все необходимые параметры запутывания и затем измените вход для вашего проекта установки на проект Dotfuscator. Когда вы сейчас создаете свое решение, ваши файлы кода компилируются, затем запутываются и затем передаются в проект установки, который будет встроен в MSI.