Тедд Хансен говорит, что на вашем компьютере может быть столько версий .NET, сколько вам нужно, потому что это не создает никакого конфликта. Я так понимаю, вы просто пытаетесь что-то установить. Если это так, то вы всегда можете использовать эту ссылку , чтобы загрузить загрузчик, который определит правильную версию 3.5 для вас (x86 или x64), загрузить и установить ее.
Если вы разрабатываете приложение, вы можете изменить целевую структуру проекта, перейдя на страницу свойств проекта и на вкладке компиляции нажмите кнопку «Дополнительные параметры компиляции». Там вы сможете выбрать.
И, как упоминает Тедд, вам следует избегать нацеливания на версии «Профиль клиента», если вы не знаете, что подмножеств, присутствующих в них, достаточно.