Не видя ваш код и предполагая, что он не делает ничего загадочного, я бы объяснил это некоторой ошибкой в порте GTK + для самой Windows.Я подозреваю, что двойной буфер, встроенный в GTK +, запутывается с присущим двойному буферированию процесса компоновки (Aero) и имеет установленную кисть стирания фона в WNDCLASSEX тех окон, которые создает GTK +.
Я подам этокак ошибка с GTK +