Не думаю, что ты сможешь. Вероятно, проблема в том, что Visual Studio просто передает один список тестов в MSTest. MSTest при запуске будет использовать файл конфигурации первого .DLL, с которым он сталкивается.
По соображениям производительности MSTest не будет разрывать / раскручивать новый процесс, когда он встречает тест в другом .DLL, и поэтому он никогда не загрузит второй файл конфигурации.
На мой взгляд, у вас есть два варианта.
Объедините файлы конфигурации, чтобы они могли быть общими для всех тестов.
Измените ваши тесты, чтобы им не требовались файлы конфигурации. Тот факт, что они у вас есть, говорит о том, что вы выполняете интеграционные тесты, а не модульные тесты, которые изолированы от их зависимостей, хотя, если у вас сложная база кода, я могу понять, почему это происходит.