Я предполагаю, что ряды будут рассмотрены независимо, так как вы не упомянули какие-либо взаимосвязи в моделях. Я не уверен, какой тип объекта вы хотите использовать или какие тесты, но основная цель «лучших практик» не зависит от фактического пакета, который будет использоваться.
Самые простые подходы включают загрузку объектов в список и анализ каждой серии с помощью простых итераторов, таких как lapply, или с помощью многоядерных методов, таких как mclapply или foreach, в R. Для Matlab вы можете работать с массивами ячеек. , В наборе инструментов для параллельных вычислений есть функция под названием parfor для «параллельного ввода», которая аналогична функции foreach в R. За мои деньги я бы рекомендовал использовать R, поскольку он дешевле (бесплатно) и имеет гораздо более богатый функционал для статистического анализа. Matlab имеет лучшую документацию и вспомогательные инструменты, но они, как правило, со временем теряют значение, когда вы становитесь более знакомыми с инструментами и методами вашего исследования (и с увеличением количества ваших ссылок).
Хорошо привыкнуть к использованию многоядерных инструментов в целом, так как это может существенно сократить время, необходимое для анализа множества независимых небольших объектов.