Вопрос действительно широкий, но я отвечу на опыте, который у меня был.
Javascript на самом деле не предназначен для выполнения математических вычислений, что может быть необходимо для быстрого расчета большого количества явлений E & M (особенно, если они не представлены в виде решения в закрытой форме). Это действительно касается того, сколько деталей вы хотите видеть в своих графиках (больше шагов = больше вычислений). Возможно, вам понадобится сделать больше оптимизаций, чтобы компенсировать разницу в производительности.
Я сделал несколько визуализаций антенных решеток (у них были решения с закрытыми формами, только простые массивы) во Flash, и все получилось нормально. Javascript определенно не будет соответствовать любым 3D-симуляциям, которые вы, возможно, захотите сделать.
Интересно, может ли Silverlight быть лучшим решением, потому что вы можете найти больше математических библиотек для .NET, чем для Actionscript, которые могли бы сэкономить вам массу труда при написании математики самостоятельно (но вы можете в конечном итоге сделать это в любом случае из-за проблем с производительностью).