Неважно, какую операционную систему вы используете при открытии файла. Важно то, какое приложение вы используете для его открытия. В Windows вы, вероятно, используете Блокнот, который автоматически определяет кодировку как UTF-8.
Приложение, которое вы используете во FreeBSD, очевидно, этого не делает. Возможно, он просто не может прочитать UTF-8, и вам нужно использовать другое приложение. Или, может быть, вы просто должны сказать ему, какую кодировку использовать. Автоматическое обнаружение кодировки символов далеко не универсально (и гораздо дальше от идеального).