git diff -M
активирует обнаружение переименования, как говорили другие (и, как указывало @VonC, оно активируется по умолчанию из git 2.9).Но если у вас большой набор изменений, неточное обнаружение переименования все равно может снова отключиться.Git отобразит предупреждение, подобное следующему, которое легко пропустить среди просматриваемой вами разницы:
warning: inexact rename detection was skipped due to too many files.
warning: you may want to set your diff.renameLimit variable to at least 450 and retry the command.
В этом случае установите параметр конфигурации в соответствии с предложением git, например
git config diff.renamelimit 450
и повторите команду сравнения.