На базовом уровне вывод Doxygen - это то, чем он является, и я не думаю, что есть «лучший способ просмотра» статического HTML-контента. Я думаю, что вы хотите, чтобы Doxygen создавал вывод HTML, который больше похож на Javadoc, который имеет как плюсы, так и минусы. (Самый большой недостаток заключается в том, что это вряд ли произойдет из-за прилагаемых усилий и широкой пользовательской базы.)
Я управляю проектом, который задокументирован с использованием Doxygen , и я не уверен, в какой степени мой конфиг использует значения по умолчанию Doxygen, но я получаю разделы в левом фрейме для плоского списка классов и иерархия классов. Кроме того, поскольку у меня включены диаграммы, иерархия графических классов является довольно быстрым способом перехода туда, куда я хочу. Я не углублялся в модули Doxygen, поэтому у меня нет никакого опыта с тем, может ли это сегментировать вещи, подобные тому, как Javadoc делает с пакетами.