JavaDoc, исторически doxygen используется в ситуациях, когда у языка нет достойного средства документирования, например, C ++.
Кроме того, я не уверен, что если вы перейдете на doxygen, вы получите встроенную поддержку Maven.
Это также сводится к демографическому целевому пользователю, будут ли они более адаптированы к стилю doxygen или javadoc и грамматике?