Поскольку вы упоминаете httpd.ini, я полагаю, вы используете isapi_rewrite v2. Я предлагаю перейти на v3 на IIS 6 (для машин IIS 7 helicon настоятельно рекомендует использовать «Ape», который я не пробовал.)
Это предполагает платную версию isapi_rewrite v3; бесплатная версия Lite не будет работать для этого ответа.
В версии 3 файл называется .htaccess вместо httpd.ini
Каждый веб-сайт может иметь свой собственный файл .htaccess с независимыми правилами. Поместите каждый файл в корневую папку каждого веб-сайта.
Для разных версий модуля я не пытался сохранить две установленные версии и не уверен, что это возможно. Вместо этого v3 имеет директиву RewriteCompatibility2, которую вы можете включить или опустить в каждом файле .htaccess. Это должно позволить вам использовать правила v2 на некоторых сайтах, а правила v3 - на других сайтах.
Очевидно, что это делает v3 совместимым с v2, но не на 100% соответствует синтаксису. Они предоставляют инструмент для перевода существующих правил. Кажется, я помню, что это почти ничего не изменило. Основным отличием является обработка параметров строки запроса - это явно в правилах v2, но обрабатывается отдельно в v3. (После полного преобразования в v3 правила становятся намного проще.)
Вышесказанное должно решить ваши проблемы, но есть и более сложные конфигурации:
Подкаталоги могут также иметь свои собственные файлы .htaccess, которые запускаются после родительского файла. Я сделал это один раз, чтобы обработать указатель на «текущую» папку данных.
Есть также директивы для VirtualHost, Directory, Location, Files.
Обзор здесь: http://www.helicontech.com/isapi_rewrite/doc/context.htm. Я должен был прочитать это несколько раз, поэтому прочитайте отдельные директивы для более четких объяснений.