Используйте неуниверсальные перегрузки RegisterType.
IUnityContainer container = new UnityContainer();
container.RegisterType(typeof(IMyInterface), Type.GetType("FQTN"));
Неуниверсальная версия методов берет простой экземпляр типа и делает отражение, поэтому это должно делать то, что вы хотите. Код на C #, а не на VB, но вы поняли ...