Вы, безусловно, можете разместить каждый модуль в качестве приложения или экземпляра виртуального каталога для точек обслуживания, но, думаю, можно сказать, что вы допускаете, что "удобство" разработки решений для разделения определяет производственную архитектуру для ваших служб? Обычно мы работаем с этим на основе слоев, а не разделов модулей - другими словами, у вас будет проект с доменами / моделями и один с сервисами, тогда каждый «модуль» может ссылаться на общий пул сервисов. Я полагаю, это зависит от того, насколько взаимосвязаны модули, насколько велика перекрестная связь и т. Д.
Каждая служба может быть настроена для работы на разных портах или целях, но, опять же, я чувствую, что, возможно, ваша проблема проистекает из архитектуры служб, и вы могли бы извлечь выгоду из наличия общего проекта службы, который совместно используется модулями.