Вы фактически не активируете модуль. Вы активируете вид в регионе. Прочитайте эту статью .
Метод Initialize вызывается только один раз для любого модуля. Я предполагаю, что тот факт, что вы видите представление в модуле, активируемом при вызове LoadModule, связан с тем, что метод Initilalize регистрирует представление в регионе. Это активирует вид. Если у вас было более одного просмотра, то последним зарегистрированным будет активный.
Чтобы активировать представление, вам нужно вызвать метод Activate для региона (при условии, что введены IUnityContainer и IRegionManager) ...
// Get a view from the container.
var view = Container.Resolve<MyView>();
// Get the region.
var region = RegionManager.Regions["MyRegion"];
// Activate the view.
region.Activate(view);
В зависимости от типа элемента управления региона это либо заменит существующее представление, либо добавит к нему.