Я в Netbeans Beta 2 для Linux.
Я сделал:
1) Перейдите на Инструменты> Плагины , и вы должны нажать Доступные плагины вы найдете: Git .Проверь это.Установите его.
2) Затем, щелкните правой кнопкой мыши в свойствах вашего проекта, выберите: управление версиями> инициализация репозитория git
Учебник, который вы упоминаете, все ли это: http://netbeans.org/kb/docs/ide/git.html
Возможно, это была временная проблема?