Решение, как показано ниже.
Содержимое файла манифеста при условии, что все три файла находятся в пакете myPackage:
Main-Class: myPackage.P
Создание файла JAR
javac -d . P.java Q.java R.java
jar -cvfm my.jar manifest.txt myPackage/*.class
Для запускабанка, который имеет свой собственный определенный главный класс, как в файле манифеста
java -jar my.jar // Executes Class P
Для запуска банки с любым из класса Q или класса R, который также имеет основной
java -cp my.jar myPackage.Q //Executes class Q
java -cp my.jar myPackage.R //Executes class R
java -cp my.jar myPackage.P //Executes class P