Пожалуйста, предложите, я хочу начать с 0. У меня есть опыт работы с R.
Что не так с документацией, доступной по http://www.bioperl.org?Я нашел HOWTO для начинающих и инструкции по установке для различных платформ.Если вы хотите изучать Perl, попробуйте http://www.perl.org/books/library.html для бесплатных онлайн-учебников.
Книга Освоение Perl для биоинформатики содержит главу о BioPerl. Эта глава доступна в качестве образца от Oreilly.