scriptaculous - это библиотека JS, созданная поверх прототипа. Также, они будут позади прототипа в их графике выпуска. Чтобы убедиться, что scriptaculous работает, используйте его только с файлом прототипа, который был загружен.
Конечно, при наличии достаточного количества времени и энергии вы можете найти все измененные ссылки с прототипа 1.6.0.1 на 1.6.0.2, но действительно ли в новой версии прототипа есть что-то, что вам нужно сегодня? Если нет, просто подождите, пока обновится сценарий.