Dojo имеет преимущество работы с любой другой библиотекой, потому что все находится в пространстве имен Dojo. Scriptacolus требует прототип, поэтому здесь нет никаких проблем. Просто убедитесь, что вы не пытаетесь использовать jQuery с прототипом, так как они будут конфликтовать друг с другом.