Это очень абстрактный вопрос, и я не уверен, что универсальный стекопоток - подходящее место для этого.
В любом случае. Каков наилучший метод хранения? Как насчет: в файле на диске. Имейте в виду, что база данных - это просто прославленный файл, в котором есть причудливые команды чтения и записи.
Оптимизация трудна, вы можете торговать только вещами. Процессор для использования памяти, скорость чтения для скорости записи, объем хранения данных или скорость. (Или найдите лучшего хост-провайдера и сделайте ваши базы данных такими большими, как вы хотите;))
Чтобы ответить на ваш второй вопрос, если вы все же будете использовать подход с базой данных, вам нужно будет настроить систему для «миграции» пользователей из базы данных в другую, если она заполнится. Если вы достигли 80% от 1 ГБ, начните миграцию пользователей.
Определение размера базы данных является сложной задачей. Вы могли бы, я полагаю, посмотреть на файлы RAW на диске, чтобы увидеть, насколько они велики, но, возможно, есть более умные способы.