Убедитесь, что ваша версия Java верна (чего ожидает ваша версия PyDev).
После того, как я обновил PyDev (5 минут назад), у меня появилось точно такое же сообщение об ошибке на вкладках, где у меня когда-то были открыты исходные файлы Python (без идентификатора редактора для id).
Я обновил версию Java с 1.7 до 1.8:
sudo apt-add-repository ppa:webupd8team/java
sudo apt-get update
sudo apt-get install oracle-java8-installer
Затем, чтобы проверить свою версию, запустите:
java -version
Вы должны увидеть что-то вроде:
java version "1.8.0_91"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_91-b14)
Java HotSpot(TM) Server VM (build 25.91-b14, mixed mode)
Повторно открыл затмение, и плагин PyDev работает. Ура!