Это невозможно сделать (по крайней мере, с iOS 4 и ниже). iOS не поддерживает предварительно скомпилированные бинарные шейдеры. Если вы запросите у OpenGL количество поддерживаемых двоичных форматов шейдеров, вы получите ноль.
Вы вынуждены компилировать шейдеры при каждом запуске приложения.
(ответил на мой собственный вопрос.)